(一)办公室
负责文电、会务、机要、档案、督办等机关日常运转工作;承担信息、保密、新闻发布、政务公开、政务信息化、值班应急、信访、外事等工作;起草及审核综合性重要文稿;归口管理接待工作;负责管理“12360”服务热线。
(二)法规处
承担有关规范性文件的合法性审核工作;组织实施知识产权海关保护工作;承担海关标准化工作;承办行政复议和行政应诉工作。
(三)关税处(海关总署福州原产地管理办公室)
牵头推动综合治税工作;拟订税收征管的业务制度、操作流程并组织实施;负责对税收征管工作进行检查、监督和评估;具体承担估价管理、归类化验、原产地管理、税收减免等职能管理和审批工作;指导审单工作;负责涉台商品优惠和非优惠贸易协定下的原产地管理业务。
(四)监管通关处
承担进出境货物、物品、运输工具、监管场所等监管通关业务的职能管理;拟订物流监控、通关和海关贸易管制的业务制度、操作流程并组织实施;维护海关业务信息系统参数数据库;负责监管通关业务的对外联系配合;负责武警执勤的计划、指导和协调工作;协助口岸开放、规划管理工作。
(五)加工贸易监管处
承担加工贸易和保税物流的海关监管工作;拟订海关特殊监管区域、保税监管场所的监管制度并组织实施;承担海关特殊监管区域、保税监管场所的卡口管理和物流监控工作;负责加工贸易和保税监管业务的核查、监督、监控分析和评估工作。
(六)综合统计处
承担进出口贸易统计、分析和监测预警工作;负责统计数据的质量控制和管理;负责原始数据库和基础数据库、报关单结关数据、报关单证档案、报关单数据使用安全的管理;实施统计监督，开展执法评估;管理和发布进出口贸易统计资料，提供海关统计咨询服务。
(七)稽查处(企业管理处)
拟订稽查制度和业务流程;负责稽查业务的监督、指导;承担企业稽查、减免税核查、保税中后期核查、企业管理绩效考核;监督管理报关单位、报关员及报关从业资格;实施企业分类管理;负责企业巡查职能
内设部门
副厅局级内设机构1个：缉私局;内设办公室、政治处、督察处、侦查处、法制处、情报处、查私处、海缉处;下设马尾海关缉私分局、福清海关缉私分局、莆田海关缉私分局、宁德海关缉私分局、南平海关缉私分局。
正处级内设机构13个：办公室、法规处、关税处(海关总署福州原产地管理办公室)、监管通关处、加工贸易监管处、综合统计处、稽查处(企业管理处)、风险管理处、技术处、财务处、关务保障处、人事教育处、督察内审处。
其他正处级内部工作机构3个：机关党委(思想政治工作办公室)、监察室、离退休干部办公室。
派出机构
正处级隶属海关9个：马尾海关(下设正科级驻馆头办事处)、福州长乐机场海关、福州保税区海关、福清海关〔下设副处级松下港海关(筹)、正科级驻平潭办事处〕、莆田海关(下设正科级驻秀屿港办事处、驻秀屿办事处、驻湄洲岛办事处)、宁德海关(下设正科级驻三沙办事处、驻城澳办事处)、武夷山海关、三明海关、南平海关
